Přestože se kolem F.M. prý točilo hodně dam, přinejmenším v roce 1930 byla ženou jeho srdce Zdenka Podhajská (1901 - 1991), dcera Aloise Podhajského (1964 - 1946), někdejšího rakousko-uherského polního podmaršálka a nyní armádního generála, který zastával funkci generálního inspektora čs. branné moci.
Jak napsal dobový tisk, v den Malkovského havárie byla jeho snoubenka Z.P. v Paříži, kde přihlížela místním leteckým slavnostem.
Jiří RAJLICH: Konec „krále vzduchu“. Karlovarská havárie škpt. Františka Malkovského 8. června 1930. Hobby Historie č. 28/2014, s. 6-19